یونگین کیشین بخش دوم: آتش در کیوتو

کین‌شین به زندگی جدیدی با کاورو و دوستانش عادت کرده است که از سوی دولت میجی درخواستی دریافت می‌کند. ماکوتو شی‌شیو، قاتل سابق کین‌شین که خیانت دید، آتش زده شد و برای مرگ رها شد. او زنده ماند و اکنون در کیوتو است و با جنگجویان جمع‌آوری‌شده‌اش نقشه‌ریزی می‌کند تا دولت نوپا را سرنگون کند. برخلاف خواسته‌های کاورو، کین‌شین با اکراه موافقت می‌کند تا به کیوتو برود و به حفظ کشورش از بازگشت به جنگ داخلی کمک کند.